Использование суперкомпьютера в разработке препаратов для лечения COVID-19

Институт биоорганической химии им. Шемякина и Овчинникова (ИБХ) совместно с научно-исследовательским вычислительным центром Московского государственного университета (МГУ) приступили к разработке каталитического антитела к спайковому белку нового коронавируса.

Спайковый белок играет роль в повреждении сосудов при COVID-19. В экспериментах с «псевдовирусом», не содержащим вирусные частицы, однако окруженным классической короной шиповидных белков SARS-CoV-2, было отмечено повреждение легких и артерий на животной модели, что доказывает, что одного спайкового белка было достаточно, чтобы вызвать заболевание. Образцы тканей показали воспаление в эндотелиальных клетках, выстилающих стенки легочной артерии.

Для отбора «кандидата» в антитела потребуются большие вычислительные мощности. Для «проектирования» каталитического центра антитела будет использована информация о всех известных протеолитических активных центрах и всех известных структурах антител. Предполагаемое количество вариантов превосходит число в любом ранее проведенном исследовании.

Отбор вариантов для дальнейшей проверки в эксперименте будет проходить с помощью современного метода моделирования реакций.

При успешной разработке антитело может стать препаратом, снижающим количество вируса при тяжелом течении инфекции.

Работы по разработке нового лекарственного препарата планируется проводить с помощью суперкомпьютера «Ломоносов-2», который входит в десятку самых мощных компьютеров стран СНГ и ТОП500 самых мощных компьютеров мира по состоянию на июнь 2024 года. «Ломоносов-2», разработан для МГУ компанией «Т-Платформы» в 2014 году.